Foi na universidade que Beto iniciou sua militância política presidindo o Diretório Acadêmico América Latina Livre, de 1984 a 1985 (durante o curso de História), da Universidade de Passo Fundo. Com o espírito de liderança despontando, presidiu o Diretório Central de Estudantes da UPF, em 1986, e dirigiu a Associação Passo-fundense de Defesa do Consumidor (Apadecon) de 1987 a 1990, e a Juventude Franciscana no Estado. É membro fundador do Movimento de Justiça e Direitos Humanos na região de Passo Fundo.

A política já se tornara uma paixão e nesse ponto a história de Beto começa a distinguir-se das histórias dos anônimos. Ele percebeu que seus ideais poderiam não apenas modificar a sua realidade, mas a de todos que o cercavam e, ainda mais: de todos os brasileiros. Em 1986, filiou-se ao Partido Socialista Brasileiro (PSB) e, dois anos depois, concorreu a vereador em sua primeira disputa eleitoral. Foi o quarto candidato mais votado, mas não se elegeu por insuficiência de votos da legenda.

Década de 90

Em 1990, Beto Albuquerque concorreu pela primeira vez a deputado estadual no Rio Grande do Sul pelo PSB. Eleito como o terceiro deputado mais votado pela aliança Frente Popular, conquistou 11.806 votos. Mantendo-se fiel aos seus eleitores, foi reeleito em 1994 com 34.251 votos, sendo, desta vez, o candidato com maior votação na Frente Popular.

Em 1998, foi eleito deputado federal com 80.587 votos e, logo em seguida, foi convidado pelo então governador Olívio Dutra para integrar o secretariado do Estado. Foi secretário estadual dos Transportes de janeiro de 1999 a abril de 2002, quando reassumiu o mandato na Câmara dos Deputados.

2000

Em 2002, Beto Albuquerque foi reeleito como Deputado Federal com 126.354 votos e assumiu como membro titular da Comissão de Viação e Transportes (CVT) da Câmara dos Deputados. Em setembro de 2003, assumiu a presidência da Frente Parlamentar em Defesa do Trânsito Seguro e, a convite do presidente Luiz Inácio Lula da Silva, tornou-se vice-líder do governo federal na Câmara dos Deputados. Em 2004, disputou a eleição para a prefeitura de Porto Alegre numa coligação do PSB com PSC. De 2003 a 2010, Beto foi apontado como um dos 100 parlamentares mais influentes do Congresso Nacional pela pesquisa do Departamento Intersindical de Assessoria Parlamentar (DIAP).

Em 2006, nova reeleição com 174.774 votos, 38,32% a mais que em 2002. No mesmo ano, o site Congresso em Foco apontou-o como um dos 25 parlamentares de melhor atuação e, em 2007, foi eleito o segundo melhor parlamentar do País, na opinião de jornalistas e pelo voto popular na internet. Também em 2006, Beto teve três leis sancionadas pelo presidente Lula. Duas delas aprimoraram o Código de Trânsito Brasileiro (CTB) e outra concedeu ao município de Passo Fundo o título de Capital Nacional da Literatura.

Desde 2007, integra o Parlamento do Mercosul como membro titular, sendo que em 2009 foi eleito presidente da Comissão de Infraestrutura, Transporte, Recursos Energéticos, Agricultura, Pecuária e Pesca do Parlamento do Mercosul.

Em 2009 foi sancionada a lei, de sua autoria, que instituiu a Semana de Mobilização Nacional para Doação de Medula Óssea e, em 2010, a lei que criou o Fundo Nacional do Idoso e a possibilidade de deduzir do Imposto de Renda as doações feitas para entidades de assistência a idosos carentes.

No segundo semestre de 2009 assumiu a coordenação da bancada federal gaúcha no Congresso Nacional.